2017年11月，同济大学与重庆市人民政府达成战略合作，共建同济大学重庆研究院，由上海同济创新创业控股有限公司注资成立独立法人机构重庆同济研究院有限公司，以市场化建立健全管理运行机制。与政府合作打造创新、开放的产业技术研发平台，在人才交流合作、创新平台建设、开展关键共性技术研发、科技成果应用转化及产业化、高科技企业孵化和战略研究咨询等方面开展全方位合作，成立了中德国际技术转移中心、绿色技术创新发展研究中心，长江水环境教育部重点实验室重庆研发基地，同济大学长江水环境智能检测科创中心，同时也是重庆两江新区科技创新联盟主席单位。
研究院着眼重庆市产业发展的技术需求，以科技合作、产学研结合、科技成果转化、高科技创业投资、企业孵化等形式，开展市校长期合作，促进重庆市产业结构转型升级和社会民生改善，助推西部创新中心建设。 聚集整合同济大学的科研成果、人才团队等资源，围绕重庆支柱和新兴产业，结合重庆企业实际需求，实现技术产业化和成果市场化，通过市场运营推进科技成果转移转化和开发各类新产品。
打造创新高端研发平台，提高同济大学科技成果转化能力和科技、人才服务社会的能力。重庆研究院依托同济大学现有优势科研基地平台，主要围绕智慧城市、生态环保、新能源汽车、先进装备制造、新材料、生物制药等领域，实现科技成果转化。牵头组建科创基金，用金融资本助推科技成果转化。
